福清市医院创办于1900年，由中华基督教美以美女布道会名义在福清龙田镇创办龙田妇孺医院，美国人明庶姑任院长，设15张病床。
1921年2月，医院迁入福清城关吴厝巷，设床位30张。
1990年，福清建市后，该院正式更名为福清市医院。
2016年12月24日，福清市医院搬迁至现址（福清市清荣大道267号）。医院占地面积177 亩，按照三级综合性医院标准建设，分两期建设。一期项目于2011年动建，2016年10月竣工，建筑面积87278平方米，主要建设门急诊医技楼、病房大楼、后勤供应综合楼。
2023年，福清市医院二期落成启用，包括医技住院大楼15层、感染楼5层、教学综合楼6层以及附属污水处理站等，配备高压氧舱、PETCT、直线加速器等先进医疗设备，全面提升了医院综合服务能力和水平。