主要角色
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永井圭（永井 圭 / ながい けい，声：宫野真守、朝井彩加（幼时））
本作主角，全国模拟考试前段的资优生，拥有过目不忘的记忆力，可以将看到的东西记住大部分。人生目标想当上医生照顾久病的妹妹然后平稳的生活。幼年时就曾看到自己的“黑色幽灵”。是个缺乏感性，彻底做任何事物都追求自身利益的的利己主义者，但有时也会做出非理性的行动，为何会如此矛盾连他自身也不清楚，在逃离厚生劳动省的研究设施后其追求合理性且利己的思考方式变的比较容易表露出来。对于唯一的朋友海斗显得相当重视，在与海斗逃亡时害怕会危及他的性命而选择单独逃亡。
出生不久后死亡了，在那时候觉醒为亚人而复活，但单纯被认为是奇迹。
“别种”能释放“黑色幽灵”，其型态为基础的人形，极为好战，且完全不受永井圭指挥。永井圭自身的IBM粒子浓度超乎一般亚人的量，一般亚人只能叫出2至3只左右的程度，且5至10分钟左右就会消失，但永井圭本身能够叫出5至9只的程度，最久能维持30分钟左右才会消失。
海斗（海斗 / かいと，声：细谷佳正、合田绘利（幼时））
永井圭童年时的朋友，为人重情重义。视永井圭为他的第一个朋友。即使被他抛弃（其实是永井圭母亲强迫他们断绝关系），只因父亲是罪犯（所以没有朋友），也依然视他为重要的友人。即使他变为亚人后，也视他是人类。
表明只要永井圭需要他帮忙，就一定会去帮他。
即使这可能会危及自己性命，也设法保护被通缉的永井圭。
因为帮过被通缉的永井圭而被关进少年感化院，但因为个性使然而救了时常被欺负的亚人——琴吹武，而意外得到琴吹武的承诺，帮助他逃出少年感化院一次。
中野攻（中野 攻 / なかの こう，声：福山润）
佐藤发起的亚人抗争中吸引到的亚人，因反对佐藤的做法遭到追杀，回到家却又遭政府人员追捕。再度逃亡时，追踪IBM柱而遇到永井圭，因理念不合，被不想透露自己所在处的永井圭关进废弃的大货车中。后永井圭遭村庄里的人追捕时，为了找帮手将他放出，与其一起行动。后又和永井圭为了对抗佐藤在户崎手下接受训练。个性为容易跟人混熟的热血笨蛋，脑袋不好但擅体力活，没念高中，在工地打工过活，
“普通种”无法释放“黑色幽灵”（在非主要环节出现过他的黑色幽灵）。
厚生劳动省
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户崎优（戸崎 優 / とさき ゆう，声：樱井孝宏）
厚生劳动省派遣负责亚人的官员，一直对外宣称亚人没有危险性，但实质上对于亚人有着强烈的憎恶。因未婚妻（声：大原沙耶香）发生事故昏迷不醒，庞大医药费皆由其负担，为此非常执著于自己的地位，为了对抗佐藤绑架小仓郁也，后和永井圭合作拟定对付佐藤的计划。在与永井圭准备计划之时，有将永井圭的纪录一切消除及给他新身份的密约，作为交换条件要他有办法操控好自身的“黑色幽灵”以及事后对总理大臣的暗杀。在漫画版中户崎也在暗杀名单之内。
在对亚部队发动后招募记者会并将世人对亚人一切的真相全数公开，在记者会结束后因为先前以刀子刺杀曾我部时被对方用尖锥刺中腹部而失血过多，坐在长椅上死亡。
下村泉（下村 泉 / しもむら いずみ，声：小松未可子）
户崎的下属，年轻娇小的女性，实为亚人。原名田中井阳子，因被继父盗领走存款加上男友背叛，欲割腕自杀时被继父骚扰发生打斗而亡，被继父发现是亚人，继父为了赏金报案，阳子误会母亲不要她而离家出走，但其实母亲欲阻止继父，和继父同归于尽。知道事实后为感念母亲和隐瞒身份，将名字改成下村泉，下村为生父姓，泉为母姓。亚人身份因户崎包庇而保密，交换条件则是自亚人的威胁中保护户崎。疑似对户崎有好感但碍于身份的关系而没有说出口。
“别种”能释放“黑色幽灵”，形态为拥有三角锥头部的人形，将其称为小黑。
曾我部（曽我部 / そかべ，声：铃村健一）
户崎的后辈，与户崎之间的关系非常恶劣，受大臣之命负责监视户崎。在多次佐藤犯案后取代户崎的位子，之后被户崎用刀子杀死。
亚人
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佐藤（佐藤 / さとう，声：大冢芳忠）
本名“塞缪尔·T·欧文”，在训练时期已被选中加入美国海军陆战队的超精英部队‘Team’（军人没有名字、不会带名牌的秘密部队），在部队同仁之间以“扑克脸”称呼之，母亲为中国人、父亲为英国人的美国籍中英混血儿，是图谋夺取国家的亚人组织的领导。喜欢戴着狩猎帽，在残杀研究人员并救走田中后被亚人管理委员会称为“帽子”的危险人物。
在美军服役时，于某次进行隐密救援行动中，凭借高超的隐蔽技巧，和队友们不费一颗子弹就到达人质所在地，但因觉得过于无趣而故意开枪引来全部敌军，在战斗时第一次流露表情。虽然任务成功却造成一名队友死亡及一名队友重伤，自己也失去了右腿，回国后马上就被军法判处退役。
OVA版中，行动改为捕获目标，一样任务即将成功之际开枪引来敌军追击，甚至不惜对队友出手想杀掉目标，被队友开枪打伤阻止，之后被军法判处退役。
退役后，迷上各种电子游戏（尤其日本出产的），然后其在黑帮的叔父招揽他，希望以佐藤的经验帮助他训练在日本支部的新人。在一次中华街餐馆的黑帮寻仇中，叔父与其同伴全灭，但佐藤却凭一己之力杀死全部敌人。在接下来的五年，他不断杀害黑帮，最终导致黑帮集体寻仇杀死他，在那时正式发现自己是亚人(由脸部伤疤的愈合，推测其在从军前就已是亚人)，并屠杀所有在场黑帮。
天生的反社会人格者，性格极为好战，自小的时候就把生命当做玩物来看待，表面上是为了亚人的未来行动，但实际上是要引发亚人与人类之间的对立化，借此享受互相厮杀的过程与濒临死亡的刺激感，为此永井圭称呼他为“游戏狂”。
对于“亚人之死”并不在乎，彻底活用亚人的优势并使用了许多常人无法预测的战术来进行作战。
另外，在于第一部电影版动画中与永井圭所交换的记忆不同（有可能是交换片段再多出了些），就画面来看就是第一例亚人“神兵”，后于动画OVA的剧情表示为“神兵”为他所属部队所捕获并深深着迷。
“别种”能释放“黑色幽灵”型态为拥有爬虫类头部的人形，漫画中有张嘴则动画版中并未张嘴。
利用亚人的重生机制大量贩售自己的器官来获取资金，购买武器。
田中功次（田中 功次 / たなか こうじ，声：平川大辅）
日本第二位被发现的亚人，因家人无法继续带他逃亡加上赏金传闻后被抓，被亚人管理协会进行惨无人道的人体实验整整3年以上，性格冷酷无情但实际上内心却非常善良，相信佐藤能给于亚人自由而跟随佐藤。枪法非常的烂。在跟随佐藤一段时间后受不了他的暴力行动，之后脱离佐藤这派而转而和永井一方合作。
“别种”能够释放“黑色幽灵”，型态为基础的人型
中村慎也（中村 慎也 / なかむら しんや，声：梶裕贵）
日本真正意义上第二位被发现的亚人，也是首次发现“别种”。
骑行摩托車发生死亡车祸后复活，因为复活后过于惊慌，处理车祸痕迹时，没发现安全帽和还在安全帽内的头部，从而发现为亚人。遭遇亚人管理委员会的逮捕时，好友祐介因掩护他中枪身亡，追捕人员也将他击杀，从而造成庞大的精神压力与死亡时间堆叠而产生洪流现象，故释放出大量IBM，杀光在场所有追捕者后逃亡，则消息并没有对外公开，因此只有亚人管理委员会知道其事件。
该事件称为“中村慎也事件”，此后亚人管理委员会对付亚人皆使用麻醉枪。
奥山真澄（奥山 真澄 / おくやま ますみ，声：吉野裕行）
佐藤号召而来的亚人之一，天生右脚残缺不便。精通机械跟骇客技术
漫画版中曾任forge安全公司的电子技术员。
“普通种”无法释放“黑色幽灵”
动画中为“别种”能够释放“黑色幽灵”一天只能放出一次且行动非常笨拙。
高桥（高橋 / たかはし，声：野川雅史）
佐藤号召而来的亚人之一，性格蛮横，战斗时会嗑药。
“别种”能够释放“黑色幽灵”,型态类似无头的人型，没有脖子头与身体相连
玄（ゲン，声：藤巻大悟）
佐藤号召而来的亚人之一，留着小辫子，枪法了得，总与高桥一起行动当助手，无法招唤黑色幽灵，战斗时也会嗑药。
真实身份是普通人类，是高桥的弟弟，跟着哥哥寻求乐趣才加入佐藤的行动，在对抗对亚部队时不幸中弹身亡。
秋山礼二（秋山 礼二 / あきやま れいじ，声：小山力也）
在高知县消防局上班的消防员，育有一女，参加佐藤的号召集会后反对佐藤计划遭追杀，在保护中野攻逃走后被密封在水泥桶里监禁，后来被主角一行人救出。
“别种”能够释放黑色幽灵，型态为拥有火焰状头部的人形
琴吹武（琴吹 武 / ことぶき たけし，声：齐藤壮马）
与海斗同样在少年感化院的少年，17岁。性格不爱与人交际，曾在佐藤号召亚人时逃出感化院参与集会，但因本身是少年犯，所以没有参加第二次聚会逃过一劫。因海斗多次替他挺身而出而跟海斗定下随时能帮他逃狱的约定，对海斗的朋友永井圭感到很有兴趣。
后期和海斗逃出少年感化院救了被反亚人群众攻击的圭和其妹-慧理子，反被永井圭请求希望能替他保护海斗和慧理子。
“别种”能够释放黑色幽灵，型态为极其稀有的翅膀状双臂的人型，能够飞行。佐藤曾表示非常想要这种黑色幽灵。
铃木纯（鈴木 純）
日本第一位被发现的亚人，发现时间于亚人管理协会成立之前，并接受保护送到美国研究所。
无法离开研究所，但过着正常人的生活。
“普通种”无法释放黑色幽灵
吉姆
美国发现的亚人，目前受研究所保护。
“普通种”无法释放黑色幽灵
史密斯
美国研究所的博士，同时也是亚人，为了解开亚人之谜而投入研究。
“普通种”无法释放黑色幽灵
永井家
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永井妈妈（永井の母，声：泽海阳子）
小时候曾命令圭不许与海斗见面，并删除圭手机中和海斗有关的资讯。
与圭同样都是个理性主义者，但认为儿子其实并不像自己那样冷静，也有着像其父亲一样感性的地方，曾向慧理子表示自己正是喜欢丈夫够感性。
永井慧理子（永井 慧理子（ながい えりこ），声：洲崎绫）
永井圭之妹；体弱多病，常住院疗养，喜欢海斗。
从小就认为哥哥的本性十分冷血，因此十分厌恶他。后和母亲的谈话得知哥哥的个性实为理性而非冷血。
其他
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小仓郁也（オグラ・イクヤ，声：木下浩之）
生物物理学家。亚人研究的权威，因论点在日本不受看重而被美国挖角研究亚人。是个比起爱命更爱自己烟的老烟枪，经常抽已经停产的“FK”香烟。
FK香烟为过世的儿子所赠送的礼物，因此坚决不抽其他品牌香烟，实际上本人讨厌FK的味道，在最后一根香烟抽完时站在永井圭的共流面前。
在准备被杀时，共流刚好消失得以幸存
渡边（渡辺 / わたなべ，声：KENN）
圭的同班同学。
常把自己和亚人（圭）共处的经历而向他人炫耀。
中岛启介（中島 啓介 / なかじま けいすけ，声：逢坂良太）
圭的同班同学，对身为亚人的永井圭表示同情。
但在认识到现实后就失去了这份同情，变为对亚人漠不关心的一般人。
祐介（祐介 / ゆうすけ，声：江口拓也）
中村慎也的挚友。替中村慎也挡子弹而亡。
高马陆佐（コウマ陸佐，声：山本格）
负责对亚人的作战及“对亚人特战部队”的指挥官。
甲斐敬一（甲斐 敬一 / かい けいいち）
forge安全公司的社长。户崎大学时代的同学，认为攻击就是最好的防御。
动画版中仅以入住饭店发生枪战的新闻带过其与秘书的死亡。
大臣（大臣，声：大川透）
负责跟集团挂勾处理亚人的大官，亚人管理委员会为旗下在厚生省设置的单位。
在高桥的恐怖攻击行动时受伤而命令户崎的行动全部停止并打算与佐藤对谈。
动画版中被列入佐藤暗杀名单内，一直隐蔽不出多时，最终于参加会议时被佐藤暗杀。